我国反垄断法对反垄断机构的设置设计了两个层次：第一个层次，国务院设立反垄断委员会，负责组织、协调、指导反垄断工作，研究拟订有关竞争政策;组织调查、评估市场总体竞争状况，发布评估报告;制定、发布反垄断指南;协调反垄断行政执法工作等等。国务院反垄断委员会的组成和工作规则由国务院规定。日前国务院已经批准反垄断工作委员会工作规则。该规则明确，反垄断委员会主要通过召开委员会全体会议、主任会议和专题会议履行职责，不替代成员单位和有关部门依法行政。由此可见，反垄断委员会不作出具体行政行为，不代替具体反垄断执法部门行政执法，因而不存在被告问题。

　　第二个层次为国务院规定的承担反垄断执法职责的机构，负责具体执法工作。国务院反垄断执法机构根据工作需要，可以授权省、自治区、直辖市人民政府相应的机构，依照本法规定负责有关反垄断执法工作。目前我国反垄断执法机构主要为商务部、国家发展改革委员会、工商总局，三个部门分头依法履行职责。同时，该机构可以授权省、自治区、直辖市人民政府相应的机构，依照本法规定负责有关反垄断执法工作，即为省级的三个部门。第二层次的执法机构作出具体行政行为，经营者或利害关系人不服提起行政诉讼，则作出具体行政行为的机构为适格被告。

　　关于抽象行政行为和具体行政行为的鉴别

　　根据行政诉讼法的规定，人民法院只受理对被诉具体行政行为不服提起的行政诉讼，不受理对行政法规、规章或者行政机关制定发布的具有普遍约束力的决定、命令，即不受理行政机关针对不特定对象发布的能反复适用的行政规范性文件。

　　反垄断法实施过程中，由于反垄断机构设置的特殊性，决定需在司法审查识别具体行政行为和抽象行政行为。识别的标准一般有三点：该行为针对的对象是否特定;适用的效力是否反复适用;能否直接进入执行程序。同时注意，针对对象的特定性不在于人数的多少，反复适用是对事项或事件的反复适用而不是人的反复适用，行政机关文件的名称并不决定其性质，决定性质的为文件的内容，有可能一个文件中既有具体行政行为又有抽象行政行为。需要在具体案件中予以识别。

　　对被诉行政行为的合法性进行全面审查

　　反垄断法主要涉及行政许可、行政处罚、行政处理决定、行政审批、行政强制措施以及相应的履行法定职责行为，无论何种行政行为被诉讼到法院，法院依据行政诉讼法的规定均对该行为进行合法性审查，且实行全面审查。即：不仅审查适用法律法规是否正确、认定事实是否清楚、是否遵守正当法律程序，而且对是否滥用职权、超越职权进行审查;不仅审查是否显失公正，而且审查是否履行法定职责;不仅依据合法性审查标准，而且依据合理性审查标准。

　　审查反垄断行政行为的法律依据为行政诉讼法和有关反垄断的法律、行政法规，参照国务院部委规章。根据反垄断法规定，涉及到行政处罚法、行政许可法、立法法、国家赔偿法、反不正当竞争法、价格法、招标投标法以及众多的行政法规等;涉及到反垄断法对反垄断行政执法机构的设置。如前所述，反垄断法设定两个层级的反垄断机构，其中第二层级为国务院规定的承担反垄断执法职责的机构，负责具体执法，目前为商务部、国家工商总局、国家发改委;同时设定了授权执法。该规定确定了适格的行政执法主体资格，由此也决定了行政诉讼中的适格被告，进一步确定了执法主体职权职责体现职权法定，以识别是否超越职权或滥用职权或行政处罚显失公正。

　　审查反垄断行政行为的事实问题，根据行政诉讼法第三十二条和第四十三条的规定，被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当在收到起诉状副本之日起十日内，提供据以作出被诉具体行政行为的全部证据和所依据的规范性文件;不提供或无正当事由逾期提供证据的，视为被诉具体行政行为没有相应证据。被告因不可抗力或客观上不能控制的其他正当事由，不能在前款规定的期限内提供证据的，应当在收到起诉状副本之日起十日内向法院提出延期提供证据的书面申请。法院准许延期提供的，被告应在正当事由消除后十日内提供证据。逾期提供的，视为被诉具体行政行为没有相应的证据。

　　关于司法审查中举证责任分配

　　第一，证据和依据的区分问题，行政证据规则对被告不提供或无正当事由逾期提供证据的，视为被诉具体行政行为没有相应的证据，并没有明确被告不提供或无正当事由逾期提供依据的，视为被诉具体行政行为没有相应依据的规定。行政诉讼的证据，必须按照证据规则的要求提供;依据则应当遵循法律适用规则的要求。

　　第二，案卷外证据的排除规则，法院只能根据案卷的记载作出决定，不能以案卷以外的事实作为基础。即法院根据被告的案卷记录审查被诉反垄断行政行为的合法性，被告在作出被诉反垄断行政行为时没有记入案卷的事实材料，不能作为该行为合法的根据。其目的在于：确保行政管理相对人的法定权利不因行政机关的任意武断行为而受到侵害，防止行政机关未取证就裁决;便于行政管理相对人根据行政决定的事实根据申请司法救济;便于法院全面审查评估行政决定的合法性。

　　第三，被告对作出的具体行政行为负举证责任，并不排除原告在特定情况下承担举证责任。如证明起诉符合法定条件，但被告认为原告起诉超过起诉期限的除外;在起诉被告不作为的案件中，证明其提出申请的事实;在一并提起的行政赔偿诉讼中，证明因受被诉行为侵害而造成损失的事实;其他应当由原告承担举证责任的事项。在起诉被告不作为的案件中，原告应提供其在行政程序中曾经提出申请的证据材料。但有下列情形的除外：被告应当依职权主动履行法定职责的;或原告因被告受理申请的登记制度不完备等正当事由不能提供相关证据材料并能够作出合理说明的。被告认为原告起诉超过法定期限的，由被告承担举证责任。

　　第四，在反垄断行政调查程序中，利害关系人无正当理由拒不提供证据、不如实提供证据或以其他方式严重妨碍调查的，反垄断行政执法机构根据能够获得的证据得出的事实结论，可认定为证据充分。

　　第五，根据行政诉讼证据规则的规定，结合反垄断行政案件的专业性和技术性，对被诉反垄断行政行为涉及的专门性问题，当事人可向法庭申请由专业人员出庭进行说明，法庭也可通知专业人员出庭说明。必要时，法庭可组织专业人员进行对质。当事人对出庭的专业人员是否具备相应专业知识、学历、资历等专业资格等有异议的，可进行询问。由法庭决定其是否可以作为专业人员出庭。专业人员可以对鉴定人进行询问，有利于法官对证据作出正确判断。